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A Reserva Natural do Estuário do Tejo (14.416,21 ha) está integrada na mais vasta zona húmida do território português, o estuário do Tejo, incluindo águas estuarinas, mouchões, salinas, terrenos agrícolas – lezírias – e montado.

Nas margens do estuário, ao sabor do vai e vem da maré, desenvolve-se o sapal, habitat com grande produtividade primária, rico em poliquetas, moluscos e crustáceos. O estuário constitui um berçário para várias espécies de peixes marinhos, caso do  linguado-legítimo (Solea solea) e do robalo (Dicentrarchus labrax), sendo também uma zona de transição entre o meio marinho e o fluvial para peixes migradores, como a lampreia-de-mar (Petromyzon marinus), a lampreia-de-rio (Lampetra fluviatilis), a savelha (Alosa fallax) e a enguia-europeia (Anguilla anguilla).

No entanto, são as aves aquáticas que conferem ao estuário do Tejo uma importância europeia, dado que os efetivos de espécies invernantes chegam a atingir cerca de 120.000 indivíduos. Com efeito, nesta área protegida invernam mais de 10.000 anatídeos (vulgo patos) e 50.000 limícolas (que buscam o alimento nos sedimentos), com destaque para o símbolo da reserva, o alfaiate (Recurvirostra avosetta) que chega a ter aqui cerca de 25% da população invernante na Europa. De mencionar, ainda, a presença significativa de muitas outras espécies, nomeadamente o flamingo (Phoenicopterus roseus), o ganso-bravo (Anser anser) e o pilrito-de-peito-preto (Calidris alpina).