A Igreja da Misericórdia fica situada no exterior do recinto amuralhado, a uns 60 m para poente da Porta Nova. O imóvel encontra-se em ruínas há mais de 50 anos, recuando, pelo menos, aos inícios do séc. XIV, pois em 1321 já era taxada com o nome de São João. Ela foi convertida, a partir de 1626, em Igreja da Misericórdia.
Num afloramento rochoso junto à fachada, pode encontrar-se ainda uma das mais de 120 sepulturas escavadas na rocha existentes no local. Uma outra está no lado sul da capela-mor.