O Jardim Botânico está instalado na Quinta do Bom Sucesso ou Quinta Reid, património pertencente inicialmente à família escocesa Reid, que a ocupou no fim do século XIX (1881 a 1882). Em 1952, foi adquirida pela Junta Geral com o objetivo de instalar um Jardim Botânico na ilha da Madeira – uma ideia que remontava ao século XVIII. 

Ao caminhar pelos calhaus rolados basálticos que formam a calçada madeirense, pode entrar no edifício principal, uma arquitetura dos finais do séc. XIX e início do séc. XX (época romântica), construído em diversas fases pelos diferentes residentes da Quinta. Atualmente, o edifício principal alberga, nas salas do rés-do-chão, as diferentes coleções do Museu de História Natural, o qual foi inaugurado a 9 de outubro de 1984. Na parte não visitável do edifício encontram-se os gabinetes técnicos, o herbário e o laboratório.