O seu nome ficou, durante muito tempo esquecido, sendo suplantado pela figura do arquiteto italiano Francisco Xavier Fabri.

Só recentemente a descoberta de novos documentos na Biblioteca Real do Rio de Janeiro, permitiu reconhecer a verdadeira importância de Manoel Caetano de Sousa, assim como comprovar que foi ele o “verdadeiro descobridor” do teatro romano de Lisboa.