O sistema de produção romano terá dado lugar a explorações do tipo doméstico, de autoconsumo. Por isso, as referências à atividade mineira, nestas épocas, são escassas. Sabemos que o povoado romano de Vipasca terá sido ocupado no período islâmico, sendo possível prever uma continuidade das explorações mineiras, mas só a partir da reconquista cristã é que dispomos de menções mais concretas em documentação coeva.

Aparentemente, na época Medieval, as minas são reconhecidas, uma vez que constam no documento de cedência de Aljustrel à Ordem Militar de Santiago da Espada por Sancho II, mas não há indícios claros sobre a sua laboração. O mesmo acontece na época Moderna. Em 1516 na nova lei de minas, conhecida por “Regimento de Ayres do Quintal”, encontramos menção à existência de uma mina em Aljustrel, sem que haja notícia da sua atividade. Nova referência aparece, em 1521, num documento de venda do Afinador do Azul, que refere a existência de um pigmento para a produção de uma tinta denominada de “Azul de Aljustrel”, cuja tonalidade é hoje desconhecida. Em 1687 foi demarcado o Couto Mineiro de Aljustrel: um conjunto de terras que pertenciam ao Município e dentro do qual estava incluída a área mineira de Algares e de São João do Deserto.