O aqueduto do Convento de Cristo, ou dos Pegões, foi projectado no início do reinado de Filipe I com o objectivo de conduzir a água a partir de quatro nascentes diferentes, situadas nos arredores da cidade de Tomar, até ao convento. Desde a sua edificação, a casa conventual de Tomar tinha um “elaborado sistema” de abastecimento de água, formado por “(…) uma série de cisternas, abertas nos principais claustros” que se enchiam com as águas das chuvas.
Durante a sua estadia em Portugal, depois de aclamado rei português nas cortes da cidade, Filipe I decidiu ampliar o abastecimento de água do Convento de Cristo, verificando-se então a necessidade de construir um aqueduto, numa estrutura semelhante à dos que haviam sido edificados em Elvas e Évora, sendo o modelo repetido alguns anos depois no aqueduto de Vila do Conde, que abastecia o Convento de Santa Clara.
A traça do aqueduto foi executada em 1584 por Filippo Terzi, arquitecto-mor do Reino, iniciando-se a obra em 1593. Depois da morte do arquitecto, a direcção dos trabalhos de edificação passou para Pedro Fernandes de Torres. No entanto, a primeira fase dos trabalhos só seria concluída em 1614, data em que Filipe II veio a Portugal e inaugurou a obra, como indica a inscrição gravada no aqueduto.
O aqueduto estende-se ao longo de cerca de 6 quilómetros, sendo composto por um total de 180 arcos de volta perfeita, que na zona de maior declive, sobre o vale de Pegões, assentam num conjunto de 16 arcos quebrados. Nas extremidades da estrutura foram edificadas duas mães d’ água, rematadas exteriormente por cúpulas, e que no interior abobadado albergam uma larga bacia destinada à depuração das águas.
Atingindo a cerca do convento, o aqueduto ia desembocar num tanque de rega, junto ao qual foi colocada uma inscrição latina que se reporta à execução da obra. Em 1616, já com a direcção das obras entregue a Diogo Marques Lucas, a canalização do aqueduto foi prolongada para o edifício conventual, alcançando o lavatório dos dormitórios no ano seguinte, e chegando à fonte do claustro principal em 1619, data em que se concluiu a obra.