O convento de São João de Deus foi construído em Elvas em 1645 (o primeiro da sua ordem em Portugal) servindo de Hospital Militar.
The Convent of São João de Deus was built in 1645, the first of its order, serving as a Military Hospital.
The Military Hospital lost its function in 1976 and the building was abandoned until it was rehabilitaed in 2004 and became the Hotel São João de Deus.
Em finais de 1641 D. João IV ordenou a construção de hospitais militares nas principais praças do país. Assim veio a suceder também em Elvas onde os enfermos militares foram socorridos pelos religiosos da Ordem de S. João de Deus, ocupando o Hospital Militar parte do convento destes frades hospitalários. O edifício foi principiado em 1642 e em 1653 foi ampliado para a construção da Vedoria Geral, no entanto foi sempre pequeno para a quantidade enorme de feridos e doentes que auxiliava.
Em 1659, ano da Batalha das Linhas de Elvas contava o hospital com 10 religiosos que podiam atender 350 doentes. O Hospital Militar durou em Elvas até 1976, sendo depois o edifício deixado ao abandono até que em 2004 entrou em fase de reabilitação para ali ser construído o Hotel São João de Deus.
A igreja do convento foi construída junto a uma das torres da muralha fernandina que por lá ainda podemos notar. De resto é um templo muito simples e já fechado ao culto.