Outrora designada de Igreja de Santo Isidro, este templo foi sede paroquial até mil quinhentos e setenta e cinco, época em que esta paróquia foi abolida. Em mil quinhentos e setenta e seis, é fundada a Misericórdia de Linhares da Beira que instala nesta igreja a sua sede. A construção deste espaço de culto remonta aos finais do século treze, inícios do século catorze. Tipologicamente este templo seria de origem românica e desta época data a porta lateral em arco quebrado, o respetivo tímpano decorado com motivos geométricos e a fresta que ilumina a capela-mor. Com efeito, durante o século dezassete (mil seiscentos e vinte e dois) o edifício é objeto de profundas alterações que adulteraram a traça do primitivo templo. Atualmente a Igreja da Misericórdia carateriza-se por ser um templo de planta longitudinal, o interior é composto por nave única, com portal em arco pleno.