A Igreja da Misericórdia fica situada no exterior do recinto amuralhado, a 70 m para poente da Porta Nova. O imóvel encontra-se em ruínas há mais de 50 anos, recuando a sua construção, pelo menos, aos inícios do século XIV, pois em 1321 já era taxada como igreja de São João. Ela foi convertida, a partir de 1626, em Igreja da Misericórdia.