A presença dos Capuchinhos em Gondomar iniciou-se em 1958, na Casa-Solar da antiga Quinta da Bouça-Cova (do séc. XVIII-XIX), comprada e adaptada para nela se instalar o Seminário Menor, já sem condições em Vila Nova de Poiares (Coimbra). A transferência do mobiliário fez-se entre 21 e 23 de julho; e no dia 28 já era conhecida a lista dos Irmãos a ela destinados.
As obras de adaptação começaram a 4 de agosto; e os 87 seminaristas chegaram a 15 de outubro para se abrir o ano letivo a 19. A 2 de novembro era inaugurada a capela para os seminaristas e para o povo. Em setembro de 1964 abriu também o ano escolar no “Externato Liceal Paulo VI”, entretanto fundado, que um ano depois transitou para novo edifício, já com 8 salas de aulas.
Após 3 Feiras Regionais, 7 Cortejos e outras formas de angariação promovidas pelo Grupo dos “Amigos de S. Francisco”, a 11 de novembro de 1966 foi inaugurada a cripta da futura igreja (o atual salão), numa Eucaristia presidida pelo Pároco de S. Cosme de Gondomar, P. Arnaldo Duarte; e a 1 de dezembro de 1974, o Bispo do Porto, D. António Ferreira Gomes, benzeu e inaugurou o novo Seminário e a igreja de Nossa Senhora Mãe dos Homens.
Esta, após sofrer as transformações que lhe deram o rosto atual, foi novamente dedicada por D. Armindo Lopes Coelho, Bispo do Porto em 23 de novembro de 2001; e o mesmo aconteceu com o edifício do Seminário.
A progressiva diminuição de vocações fez com que deixasse de funcionar aqui o Seminário, sendo os espaços ocupados, primeiro pelo Externato e a Catequese, e depois pelos vários grupos e movimentos ligados à pastoral da nossa igreja; e cedeu-se terreno para o Parque de estacionamento fronteiro à casa e igreja. Em 1991, foi vendido o Externato, que, tendo sido ampliado, continua como Colégio.
Hoje, os religiosos da fraternidade desdobram-se no atendimento ao povo que frequenta a nossa igreja, sobretudo no ministério da reconciliação, aos muitos grupos de Catequese e outros; no apoio a comunidades religiosas, nas visitas aos doentes, na estreita colaboração pastoral com o Pároco e na ajuda a outras paróquias vizinhas.