Uma obra da magnitude do Santuário, com inovações estéticas e funcionais tão marcantes e diferenciadas do programa construtivo implantado até à época, seria lógico que deixasse uma continuidade. Não revolucionando, pelo menos aparentemente, cremos que terá deixado influências visíveis, por exemplo, na já comentada reconstrução da igreja de São Tiago, na reforma do oratório da Porta da Vila e na torre sineira da capela de Nossa Senhora de Monserrate ou da Ordem Terceira. Não esqueçamos que oito anos após a inauguração do Santuário do Senhor Jesus da Pedra o sismo que assolou o território nacional provocou sérios danos numa série de edifícios de Óbidos, dos quais a igreja de São Tiago foi o caso mais dramático. A influência arquitectónica do Santuário estaria assim bem viva. A influência não foi, todavia, meramente arquitectónica. Os elementos que compõem o espaço interior do Santuário, como os retábulos, influenciaram outras estruturas em templos da região, como a Capela do Espírito Santo, da Sancheira Grande (A-dos-Negros) e o da Capela de Santa Ana, do Pinhal (Óbidos). Os retábulos, característicos deste período, são geralmente compostos por altar, banqueta, boca do trono preenchida com uma tela alusiva à dedicação da capela, frontão de remate assente em colunas com capitéis coríntios e fustes lisos, imitando pedras diversas. O altar-mor do Santuário apresenta ainda dois grandes anjos ajoelhados em adoração a uma maquineta que resguarda a imagem do Senhor Jesus da Pedra. Nos altares laterais a decoração é mais simples, embora se utilizem duas cabeças aladas de anjo, sendo que uma das capelas apresenta ainda um sacrário em forma de templete.
