A fantástica biodiversidade da praia da Amoreira está sujeita a algumas ameaças. Uma das mais graves é a proliferação de espécies invasoras. O chorão-das-praias (Carpobrotus edulis) é uma planta suculenta, originária da África do Sul. Forma tapetes impenetráveis que ocupam áreas extensas. Esta planta consegue tornar o solo mais ácido, facilitando a sua sobrevivência e dificultando o desenvolvimento de vegetação nativa. Na costa sudoeste de Portugal, o chorão-das-praias ameaça os habitat de dunas e falésias.
As acácias (a mimosa é uma acácia) são originárias da Austrália e da África do Sul. Foram introduzidas em Portugal, no final do século XIX, para fixarem os solos e como ornamentais. Todavia, tornaram-se invasoras formando povoamentos muito densos, onde não crescem as espécies nativas. As acácias produzem muitas sementes, resistentes ao fogo, e que ficam viáveis no solo durante 50 anos! Na costa sudoeste de Portugal, as acácias ameaçam os ecossistemas dunares e os ambientes ribeirinhos.
Na ribeira de Aljezur e na praia da Amoreira, podem encontrar-se diferentes espécies de morcegos, que começam a caçar a partir do crepúsculo. Veja como são fascinantes, estes pequenos mamíferos voadores que ajudam a controlar as populações de insetos! Milhares de toneladas de insetos (voadores e rastejantes) são consumidas anualmente pelos morcegos do nosso país! Têm assim um papel indispensável no controlo das populações de insetos e prevenção de pragas e doenças.
Junto à praia fica a Estação da Biodiversidade da Praia da Amoreira, um pequeno trajeto que permite conhecer a biodiversidade desta zona.