Após um período mal conhecido, em meados do século XIX, a industrialização fez reavivar a exploração dos recursos minerais em Aljustrel, na altura uma comunidade rural. Em torno da vila desenvolveu-se uma complexa atividade industrial, com oficinas de manutenção e metalurgia, circuitos ferroviários e habitações, surgindo um autêntico povoado mineiro, que atraiu capitais, homens e tecnologia. Terminado um ciclo de exploração, esgotada a viabilidade económica dum filão ou introduzidas novas tecnologias de exploração, ficou a paisagem alterada e as infra-estruturas, desativadas ou abandonadas, deixaram uma marca indelével na memória das gentes e assumiram um estatuto histórico e identitário na comunidade.
Sebastião Gargamala e a Lusitanian Mining Company (1847 – 1859)
O empresário espanhol Sebastião Gargamala solicitou, em 1846, a concessão de uma mina de cobre e outros minerais, perto dos banhos de S. João do Deserto, nos arredores de Aljustrel. Em 1847 é-lhe atribuída essa concessão, que incluía os jazigos de São João do Deserto e de Algares, para a exploração e produção de cobre e enxofre. Foi aberto em São João o primeiro poço de extração e construiu-se o primeiro bairro mineiro (que hoje já não existe).
O concessionário procura, desde logo, apoios no país para reunir capital para a prossecução dos trabalhos. Surge o nome do empresário português José Ferreira Pinto Bastos. Associam-se à firma inglesa Taylor, que envia representantes para avaliar as potencialidades dos jazigos de Aljustrel, e de outros sítios no país. Na sequência dessas avaliações é fundada, no início da década de 1850, a empresa mineira Lusitanian Mining Company, com o objetivo de explorar as minas de Aljustrel e do Palhal, perto de Aveiro. Porém, várias contrariedades relacionadas com a interioridade, a ausência de vias de comunicação, a dificuldades no escoamento de águas e de aquisição de terrenos fundamentais, impedem o desenvolvimento do projeto de Aljustrel. Posteriormente surgem desavenças entre Gargamala e Pinto Bastos sobre a titularidade da concessão, o que contribuiu para a inatividade dos trabalhos nas minas de Aljustrel, que foram declaradas abandonadas em 1859, colocando fim à concessão.
A Companhia de Mineração Transtagana (1867 – 1881)
Em 1867, com a chegada do comboio a Beja, renasce o interesse pelas jazidas de Aljustrel. É lançado um concurso público e os direitos de exploração da mina são cedidos, em Novembro de 1867, à Companhia de Mineração Transtagana (com capitais portugueses). A Companhia projeta a construção de um conjunto de infra-estruturas com o objetivo de transformar o minério a vender, valorizando-o, não se limitando apenas a exportá-lo em bruto. Vão ser comprados vários terrenos para a construção ou alargamento de infra-estruturas existentes. Para além de formalizar os núcleos distintos de S. João do Deserto e Algares, desenvolve-se (após uma primeira tentativa marcada pela construção de três chaminés de calcinação próximas de Algares, de que resta a chaminé de Trastagana), o núcleo de trabalhos metalúrgicos na herdade das Pedras Brancas (a cerca de 10km da Vila de Aljustrel), para a preparação do minério por ustulação, lixiviação e cementação, e uma rede de caminho-de-ferro, que interligava os diferentes núcleos de produção com a linha nacional. O objetivo era atingir um porto marítimo de forma a facilitar a exportação do minério. Porém, a descida do preço do cobre e a depressão da economia nacional, determinaram a falência da Companhia em 1881.
A Société Anonyme Belge des Mines de Aljustrel (1898 – 1956)
Em 1895 o passivo da Companhia de Mineração Transtagana (incluindo os direitos de concessão mineira) foi comprado pela casa bancária Fonsecas, Santos & Vianna. Poucos anos depois, em 1898, este estabelecimento bancário funda em Anvers, na Bélgica, uma companhia de mineração, em parceria com acionistas dos dois países, para explorar e comercializar minas e seus produtos – a Société Anonyme Belge des Mines de Aljustrel (S.A.B.M.A.). A partir de 26 de Maio, desse ano, os direitos mineiros em Aljustrel foram transferidos para esta empresa, que inicia a sua atividade orientada para a produção de cobre, e para tal constroem-se ou renovam-se infraestruturas, de forma a tornar a mina autossuficiente. De entre as quais, a represa de água limpa, a central elétrica, a central de compressores, os malacates dos poços e os bairros mineiros.
Durante a primeira metade do século XX, a S.A.B.M.A. mantém-se numa posição marginal no mercado internacional, refém dos custos de produção e de transporte até ao porto de Setúbal. A dificuldade de exportação durante a I Guerra Mundial (1914-18), e a baixa dos preços do cobre na década de 30, impediu o desenvolvimento da mina. Durante a II Guerra Mundial (1939-45), os trabalhos de exploração foram suspensos, tendo apenas sido retomados nos anos 50.
A Mines d’Aljustrel, S.A (1956) e a Pirites Alentejanas (1973)
Em 1956, após um período de instabilidade na laboração da mina, a empresa faz alterações ao capital e estatutos, e muda de designação para Mines d’Aljustrel, S.A. (M.A.S.A.), dando início a um período de estabilização da produção e de comercialização do minério extraído. É, também, a partir desta altura que vai ser implementada uma política de pesquisas e prospeções geológicas, de desenvolvimento tecnológico dos trabalhos na mina e de preocupação com a formação profissional dos trabalhadores. A maior pujança acontece quando se dá a descoberta das massas mineralizadas do Moinho e Feitais. As vendas da produção destinavam-se, em parte, ao mercado internacional (Bélgica, Alemanha, Holanda, França) e, sobretudo, à indústria nacional, sendo as fábricas do grupo C.U.F. o seu principal cliente. A procura de matéria-prima na fonte, mais barata, levam o grupo C.U.F. a investir no controle de minas. Em 1973, no âmbito de uma restruturação económica da empresa M.A.S.A., o grupo C.U.F. adquiriu uma parte da titularidade belga das minas de Aljustrel. Como consequência foi criada uma sociedade portuguesa com capital misto, a Pirites Alentejanas, SARL (P.A.), cujos participantes eram o grupo C.U.F. (45%), o estado português (45%) e os concessionários belgas (10%).
A Empresa de Desenvolvimento Mineiro (1975)
A parte portuguesa do capital é nacionalizada em 1975, na sequência da Revolução de 1974, e integrada numa holding de empresas mineiras do estado, a Empresa de Desenvolvimento Mineiro (E.D.M.), mas a totalidade da empresa continuou denominada de Pirites Alentejanas.
A nacionalização dos capitais nacionais da empresa permitiu, então, a formulação de projetos de desenvolvimento integrado e sustentado para a zona alentejana, evidenciando a necessidade de criar infra-estruturas capazes de rentabilizar ao máximo as características do minério local. Surgiu, entre outros, o Projeto de Aproveitamento Integral das Pirites (P.A.I.P.), no qual se incluía uma lavaria experimental, a Lavaria Piloto, concluída em 1982.
Progressivamente há um decréscimo da procura de pirites de Aljustrel, devido às dificuldades da indústria do ácido sulfúrico, o que conduz a uma reorganização da exploração mineira, dada a previsível cessação do mercado da pirite triturada e enxofre que, no início da década de 90, com o encerramento da Quimigal (ligada ao antigo grupo C.U.F.), acaba por se concretizar.
O objetivo dessa reorganização da exploração será iniciar a produção de concentrados de metais não ferrosos, de cobre, chumbo e zinco – o Projeto de Produção de Concentrados (P.P.C.), aprovado em 1987 e iniciado em 1991. Porém, este Projeto, devido a problemas técnicos no funcionamento da lavaria industrial e, também, devido à queda do preço dos minérios de cobre, chumbo e zinco, não foi bem-sucedido, inviabilizando-o poucos meses após o seu inicio. Em consequência, em Outubro de 1992, a empresa recorreu ao processo especial de recuperação de empresas e, em Março de 1993, requereu a suspensão da lavra.
A Eurozinc Corporation (2001)
A partir de 1995, a empresa (Canadiana) Eurozinc Corporation é contratada pelo Estado, como Junior company, com o objetivo de retomar a lavra e aproveitar o zinco. Em 2001, a Empresa de Desenvolvimento Mineiro (E.D.M.), vendeu as suas ações da P.A. à Eurozinc Corporation, que assumiu o controlo da empresa, com a intenção de retomar a exploração para a produção de concentrados de zinco, assim que o mercado internacional o permitisse.