O primeiro edifício conventual dos frades franciscanos de Elvas foi fundado em 1518, num espaço próximo das muralhas. No entanto, devido à insalubridade do local a comunidade refundou o convento em 1591 junto ao Aqueduto da Amoreira, quando D. Fernando da Silva e a sua esposa D. Beatriz de Brito doaram grande parte do terreno.

Situado num alto junto ao Aqueduto da Amoreira, o convento era sempre alvo de assédio em período de guerra, tendo mesmo sido visto por alguns militares como um entrave à defesa da cidade. Deste lado o inimigo podia acercar-se sem ser visto e até mesmo instalar- se aqui para atacar. Assim aconteceu em 1658 e 1659 quando os espanhóis o ocuparam para esse efeito e também no início do séc. XIX aquando das invasões francesas. A artilharia da praça deixa o edifício várias vezes em ruína motivo pelo qual foi muitas vezes alvo de reconstruções.

O convento de São Francisco de Elvas foi desocupado em 1834 pela Lei de expropriação dos bens das ordens religiosas, sendo afecto ao Cemitério Público em 1842.

Em termos arquitetónicos o edifício está totalmente descaracterizado do seu aspecto inicial devido a obras aqui efectuadas nos séculos XVII, XVIII e XIX; ainda assim é de uma monumentalidade interessante, tendo a igreja na frontaria uma galilé encimada por uma janela com uma decoração concheada tendo no topo duas torres sineiras. O interior da igreja é simples e dá acesso a um claustro pavimentado em calçada portuguesa.

Todo o convento sofreu obras de reabilitação e é desde 2006 ocupado pelo Arquivo Histórico Municipal de Elvas.