A igreja de São João da Corujeira foi fundada por cavaleiros da Ordem do Hospital aquando da conquista da cidade.

Pertencia assim a igreja à Ordem dos Hospitalários, passando depois a ser cabeça de comenda da Ordem de Malta. Era no adro da igreja que se festejava o São João de Elvas. A igreja manteve praticamente todas as suas formas abrangendo todo o adro até que um terramoto a 9 de Fevereiro de 1840 fez ruir metade da construção. No séc. XIX foi reconstruída, pouco ou nada restando da primitiva edificação.