A edificação da Igreja de São Pedro é feita logo a seguir à conquista cristã de 1229 e sobre parte da segunda muralha islâmica, da qual aproveita uma torre para nela implantar a sua torre sineira.

O padroado da Igreja de São Pedro pertenceu ao rei até que D. Dinis o doa entre outros direitos a D. Martinho, Arcebispo de Braga, em 1302. Posteriormente foi cabeça de comenda da Ordem de Cristo e sede da Irmandade de São Pedro dos Clérigos criada por D. António de Matos de Noronha, segundo Bispo da cidade. No séc. XV foi reconstruída, sofrendo ainda posteriores remodelações nos séculos XVI, XVII e XVIII que fizeram que hoje do seu aspecto primitivo praticamente só se observe o portal romano-gótico. Este portal faz dela um dos raros exemplos desta arquitectura no sul do país. O seu interior recheado de arte sacra é bastante interessante com o retábulo-mor em alvenaria e uma cúpula decorada com figuras clássicas.