Mandada construir por D. Sancho I, em 1186, possuía originalmente três naves com a entrada principal virada a poente, comunicando assim directamente com o interior do castelo. Era a igreja de uso da Família Real aquando das suas estadas em Óbidos, sendo enriquecida ao longo dos séculos com numerosas obras de arte, de que se destacava a Galeria da Rainha, obra de talha gótica.

A igreja foi totalmente destruída pelo terramoto de 1755 e reconstruída em 1772, com a fachada alinhada com a Rua Direita e cabeceira voltada a norte. Tinha no retábulo do altar-mor uma pintura representando São Tiago Maior, tábua maneirista de autor desconhecido da segunda metade do séc. XVI – Luís de Morales? (Sérgio Gorjão, 2000) – que terá feito parte do primitivo retábulo, hoje no Museu Municipal.