Apesar da confraria existir pelo menos desde 1663, a Igreja dos Terceiros, ou da Ordem Terceira de São Francisco, apenas começou a ser construída em 1701.

O templo como hoje o observamos só ficaria pronto em 1762, visto que parte do mesmo se viu muito danificado após o terramoto de 1755. É um extraordinário exemplo do barroco pleno de decorações luxuosas, tanto na rica talha dourada que cobre toda a capela-mor como nos painéis de azulejos que mostram ciclos da vida de São Francisco de Assis.