O edifício da atual Igreja Matriz de São João de Negrilhos data de 1808 e foi mandado construir pelo Bispo da Diocese de Beja. Contudo, em documento de 1565 há referência a uma capela de São João Curador que se situava em anexo à Igreja Matriz e o Dicionário Geográfico de 1758 também refere a existência de uma Igreja Paroquial em Montes Velhos. Desconhece-se o motivo que levou à construção de uma nova Igreja em 1808.