A 30 de julho de 1914, o Decreto-lei n.º226 autoriza a criação do Museu de Évora para, no ano seguinte, a 1 de março, o Decreto-lei nº1355 a oficializar, com o nome de Museu Regional de Évora. Abriu ao público no ano de 1921, no edifício do Palácio Amaral, do qual transitou para o atual edifício, ocupado na sua totalidade no ano de 1929. As primeiras quatro salas são inauguradas dois anos depois e, em 1936, nele é incorporado o Museu Arqueológico, que se encontrava anteriormente no rés-do-chão da Biblioteca Pública de Évora.

Tem como anexo, desde o ano de 1917, a Igreja de Nossa Senhora das Mercês, edifício do século XVII que pertenceu ao antigo Convento dos Religiosos Agostinhos, que já correspondeu à secção de Artes Decorativas do Museu, encontrando-se ao presente encerrada por razões de conservação do edifício. A importância e a diversidade da Coleção do Museu e o seu percurso histórico, cuja origem remonta a Frei Manuel do Cenáculo e à fundação de um pequeno museu anexo à Biblioteca Publica de Évora em 1805, transformam o MNFMC numa instituição incontornável para se conhecer e compreender a história e as manifestações artísticas e culturais de Évora, da região e do todo nacional.