Após uma observação panorâmica sobre os “jardins coreografados”, área com composições de figuras geométricas formadas com plantas herbáceas, e que é atualmente o “postal” deste Jardim chegou à área das plantas indígenas e endémicas da Madeira! Aqui, poderá observar espécies nativas e espécies exclusivas desta região, sendo que algumas são da Floresta Laurissilva, classificada como património mundial natural pela UNESCO, sendo o único património natural classificado em Portugal.

Destacam-se o til (Ocotea foetens) a maior árvore das florestas indígenas da Madeira; os arbustos aipo-do-gado (Melanoselinum decipiens), o endémico gerânio-da-Madeira (Geranium maderense) que dá um belo colorido na época de floração no mês de abril; a trepadeira alegra-campo (Semele androgyna) e os diferentes fetos. Ainda nesta área, encontra o busto do Eng.º Rui Vieira – o primeiro diretor do Jardim Botânico e estudioso da flora da Madeira – junto a uma encruzilhada de trilhos que percorrem diferentes zonas do arboreto!

No arboreto pode ser observada uma coleção de árvores de grande porte constituída por espécies indígenas da Madeira e por espécies exóticas.