Existem frades paulistas em Elvas desde o final do séc. XIV, no entanto o Convento de São Paulo é já obra da viragem do século XVII para o século XVIII.

A primeira pedra do templo foi lançada pelo Bispo de Elvas, D. Alexandre da Silva a 28 de Outubro de 1679, custando a obra 28000 cruzados pagos por D. Pedro II. No entanto, a igreja do convento só estaria concluída a 31 de Dezembro de 1721.

A extinção das ordens religiosas em 1834 levaria ao fim do convento. Durante uma fase da reabilitação do edifício foram-lhe entaipadas as portas.

Aqui funcionou também o Tribunal Militar até 2004.